Epigeneettinen informaatio

[Abezethibou]

Se DNA:n "digitaalisuuskin" on sikäli totta, että kun DNA luetaan solussa koneisto tulkitsee emäkset kuin diskreetit yksiköt. Toisaalta metylaatiot, epigeneettiset muutokset, taipuminen proteiineihin, jne... on hyvinkin "analogisia" piirteitä omaavia prosesseja.

[QS]

Se DNA:n "digitaalisuuskin" on sikäli totta, että kun DNA luetaan solussa koneisto tulkitsee emäkset kuin diskreetit yksiköt. Toisaalta metylaatiot, epigeneettiset muutokset, taipuminen proteiineihin, jne... on hyvinkin "analogisia" piirteitä omaavia prosesseja.

Jollain ylätasolla voi nähdä "digitaaliseksi", mutta vain siksi, että koulussa on opetettu digitaalisuus-sanan viittaavan diskreetteihin 0/1-tiloihin.

Jos toiminnan perusteisiin mennään, niin mitä "digitaalisuus" edes tarkoittaa? Ihan modernit tietokoneetkin luovat keinotekoiset 0 ja 1 -tilat analogisilla laitteilla, transistoreilla ja kondensaattoreilla ja mitä lie. Pohjimmiltaan ne ovat analogisia laitteita, mutta muutaman teknologiakerroksen jälkeen näyttäytyvät digitaalisina, ja siihenhän tuo sana viittaa.

Jos puhutaan kvanttitietokoneista, niin kuuluisat 2-state kubitit houkuttelevat ajattelemaan luonnon digitaaliseksi. Tuon kubitin taustalla on kuitenkin kvantti-tila, joka on vain valjastettu antamaan mittauksessa 2 arvoa. Kubitin tilavektorilla on todellisessa maailmassa ääretön määrä arvoja, se ei ole "digitalisoitunut".

Luonnossa 2-ulotteinen tila-avaruus on muutoinkin äärimmäisen harvinainen. Lähtökohtaisesti kvanttisysteemit ovat tila-avaruudeltaan jatkuvia, ja niistä ei löydy digi- tai trikitaalisuutta (vai mikä se 3-kaalisuus on). Diskreettejä tiloja on siellä täällä hetken aikaa, mutta katoavat saman tien taivaan tuuliin, kun jokin vuorovaikutus poistaa puhtaan sidotun tilan.

Diskreettisyys on eri asia kuin digitaalisuus. Kvanttifysiikan lainalaisuudet ovat monessa mielessä diskreettejä, esimerkiksi voidaan mitata 1 kpl tai 46 kpl hiukkasia, mutta koskaan mittaustulos ei ole 1.57 hiukkasta. Diskreettisyys liittyy ehkä myös Planckin skaalaan, jos liittyy, sitä kukaan vielä tiedä.

Diskreeteistä ilmiöistä voi revitellä johtopäätöksen, että ehkä kokonaisluvut ovat luonnossa enemmän perustavanlaatuisia kuin reaaliluvut. Mutta digitaalisuutta en päättelisi, kun se on ihan eri kategorian käsite.

[Abezethibou]

Se DNA:n "digitaalisuuskin" on sikäli totta, että kun DNA luetaan solussa koneisto tulkitsee emäkset kuin diskreetit yksiköt. Toisaalta metylaatiot, epigeneettiset muutokset, taipuminen proteiineihin, jne... on hyvinkin "analogisia" piirteitä omaavia prosesseja.

Jollain ylätasolla voi nähdä "digitaaliseksi", mutta vain siksi, että koulussa on opetettu digitaalisuus-sanan viittaavan diskreetteihin 0/1-tiloihin.

Jos toiminnan perusteisiin mennään, niin mitä "digitaalisuus" edes tarkoittaa? Ihan modernit tietokoneetkin luovat keinotekoiset 0 ja 1 -tilat analogisilla laitteilla, transistoreilla ja kondensaattoreilla ja mitä lie. Pohjimmiltaan ne ovat analogisia laitteita, mutta muutaman teknologiakerroksen jälkeen näyttäytyvät digitaalisina, ja siihenhän tuo sana viittaa.

Jos puhutaan kvanttitietokoneista, niin kuuluisat 2-state kubitit houkuttelevat ajattelemaan luonnon digitaaliseksi. Tuon kubitin taustalla on kuitenkin kvantti-tila, joka on vain valjastettu antamaan mittauksessa 2 arvoa. Kubitin tilavektorilla on todellisessa maailmassa ääretön määrä arvoja, se ei ole "digitalisoitunut".

Luonnossa 2-ulotteinen tila-avaruus on muutoinkin äärimmäisen harvinainen. Lähtökohtaisesti kvanttisysteemit ovat tila-avaruudeltaan jatkuvia, ja niistä ei löydy digi- tai trikitaalisuutta (vai mikä se 3-kaalisuus on). Diskreettejä tiloja on siellä täällä hetken aikaa, mutta katoavat saman tien taivaan tuuliin, kun jokin vuorovaikutus poistaa puhtaan sidotun tilan.

Diskreettisyys on eri asia kuin digitaalisuus. Kvanttifysiikan lainalaisuudet ovat monessa mielessä diskreettejä, esimerkiksi voidaan mitata 1 kpl tai 46 kpl hiukkasia, mutta koskaan mittaustulos ei ole 1.57 hiukkasta. Diskreettisyys liittyy ehkä myös Planckin skaalaan, jos liittyy, sitä kukaan vielä tiedä.

Diskreeteistä ilmiöistä voi revitellä johtopäätöksen, että ehkä kokonaisluvut ovat luonnossa enemmän perustavanlaatuisia kuin reaaliluvut. Mutta digitaalisuutta en päättelisi, kun se on ihan eri kategorian käsite.

Noin sen suunnilleen minäkin ajattelen. Digitaalinen sinällään minun maailmassani tarkoittaa diskreettejä tiloja tai toisin sanottuna sitä, että järjestelmässä on vain tietyt sallitut arvot (esim. 0 ja 1 tai -1,0 ja +1 tai 0,1 ja 2 tai DNA:ssa A, T, C, ja G jos pysytään siellä ylätasolla). Transistori on hyvinkin analoginen komponentti jos se sellaiseen tilaan asetetaan ja toimii hyvin vaikkapa analogisessa audiovahvistimessa. Tietokoneessa se säädetään olemaan joko kokonaan "auki" tai "kiinni" mutta joo on sielläkin lämpökohinaa yms. analogista mukana.

[QS]

Tuo diskreettisyys on kyllä mielenkiintoinen. DNA:n lisäksi muutkin rakenteet ovat aina tavalla tai toisella diskreettejä. Jos ajattelee perusteista lähtien, niin rakenteen käsite vaatii diskreetit komponentit, jotta voidaan sanoa, että kaksi rakennetta ovat identtiset, tai eivät ole identtiset. Toisesta rakenteesta voi puuttua diskreetti osa tai jokin diskreetti osa on hiukan erilainen kuin vertailukohteessa, jonka seurauksena se ei ole enää sama rakenne. Diskreettisyys on niin arkipäiväisen luonnollinen asia, että sitä harvoin tulee ajateltua.

[Abezethibou]

Jos nyt vielä hiuksia halotaan, niin 5 voltin CMOS logiikkapiireissä 0–1,5 V tuottaa nollan ja 3,5–5 V ykkösen. Väliin jää harmaa alue jolle ei voida taata yhtään mitään. Nykyään käytetään pienempiä jännitteitä, mutta idea on sama. Eivät nämä siis pellin alla niin tiukasti ykkösiä ja nollia tuota kun voisi kuvitella, mutta onhan tuossa virhemarginaalia ja hyvin se yleensä riittää. Vaan millä se jumala saatiin keskusteluun mukaan, se jäi vähän epäselväksi?

[QS]

Vaan millä se jumala saatiin keskusteluun mukaan, se jäi vähän epäselväksi?

Nuo jumalat pelmahtavat paikalle hyvin yllättävissä kysymyksissä ja konsepteissa, ja mahdoton tietää etukäteen tai jälkikäteen, että miten. Tosin ihmiskunnalla on tai on ollut laskentatavasta riippuen n. 18 000 - 50 000 jumalaa, joten kai näihin tilanteisiin aina joku löytyy

[Abezethibou]

Vaan millä se jumala saatiin keskusteluun mukaan, se jäi vähän epäselväksi?

Nuo jumalat pelmahtavat paikalle hyvin yllättävissä kysymyksissä ja konsepteissa, ja mahdoton tietää etukäteen tai jälkikäteen, että miten. Tosin ihmiskunnalla on tai on ollut laskentatavasta riippuen n. 18 000 - 50 000 jumalaa, joten kai näihin tilanteisiin aina joku löytyy

Teleologiseksi ajatteluksi taidetaan kutsua sitä, että DNA:n monimutkainen rakenne houkuttelee ajattelemaan, että sen on pakko olla suunniteltu. Tai ehkä DNA:n "neljän kirjaimen koodi" näyttää samankaltaiselta kuin ihmisen kehittämä tietokoneohjelma josta syntyy ajatus ohjelmoijasta joka on sen koodannut. Psykologiassa puhuttaisiin kai tuossa tapauksessa kuvioiden tunnistamisesta. Agenttihavaintoharha on yksi vaihtoehto. No oli niin tai näin, niin sitkeästi on jumalat vieläkin kuvioissa mukana.

Enkä missään nimessä halua kenenkään uskoa morkata.

[QS]

Vaan millä se jumala saatiin keskusteluun mukaan, se jäi vähän epäselväksi?

Nuo jumalat pelmahtavat paikalle hyvin yllättävissä kysymyksissä ja konsepteissa, ja mahdoton tietää etukäteen tai jälkikäteen, että miten. Tosin ihmiskunnalla on tai on ollut laskentatavasta riippuen n. 18 000 - 50 000 jumalaa, joten kai näihin tilanteisiin aina joku löytyy

Teleologiseksi ajatteluksi taidetaan kutsua sitä, että DNA:n monimutkainen rakenne houkuttelee ajattelemaan, että sen on pakko olla suunniteltu. Tai ehkä DNA:n "neljän kirjaimen koodi" näyttää samankaltaiselta kuin ihmisen kehittämä tietokoneohjelma josta syntyy ajatus ohjelmoijasta joka on sen koodannut. Psykologiassa puhuttaisiin kai tuossa tapauksessa kuvioiden tunnistamisesta. Agenttihavaintoharha on yksi vaihtoehto. No oli niin tai näin, niin sitkeästi on jumalat vieläkin kuvioissa mukana.

Enkä missään nimessä halua kenenkään uskoa morkata.

Joo. Uskontoja tunnustavia matemaatikkoja ja fyysikkoja on paljonkin, osa ihan huipputasolla. Eikä siinä mitään, heillä on oma vakaumuksensa. Tuon tason ammattilaiset tosin eivät selitä luonnon tai matematiikan ongelmaa toteamalla "jumala loi asia näin, ja siinä syy", vaan tutkivat ongelmaa aivan kuin kyseistä jumalaa tai uskoa ei olisi olemassakaan. En tiedä mitä pään sisällä liikkuu, mutta ainakin kohtuu terveellä tavalla tutkivat, että löytyykö ongelmaa ratkaisu, eivätkä jää ilmestyskirjan todistuksen varaan.

[pähkäilijä]

Vaan millä se jumala saatiin keskusteluun mukaan, se jäi vähän epäselväksi?

Nuo jumalat pelmahtavat paikalle hyvin yllättävissä kysymyksissä ja konsepteissa, ja mahdoton tietää etukäteen tai jälkikäteen, että miten. Tosin ihmiskunnalla on tai on ollut laskentatavasta riippuen n. 18 000 - 50 000 jumalaa, joten kai näihin tilanteisiin aina joku löytyy

Teleologiseksi ajatteluksi taidetaan kutsua sitä, että DNA:n monimutkainen rakenne houkuttelee ajattelemaan, että sen on pakko olla suunniteltu. Tai ehkä DNA:n "neljän kirjaimen koodi" näyttää samankaltaiselta kuin ihmisen kehittämä tietokoneohjelma josta syntyy ajatus ohjelmoijasta joka on sen koodannut. Psykologiassa puhuttaisiin kai tuossa tapauksessa kuvioiden tunnistamisesta. Agenttihavaintoharha on yksi vaihtoehto. No oli niin tai näin, niin sitkeästi on jumalat vieläkin kuvioissa mukana.

Enkä missään nimessä halua kenenkään uskoa morkata.

Jos joku on data-alalla, hän ihmettelee solun informaatiota. Ainakin Bill Gates ihmetteli kun sanoi ettei he pysty tuollaisiin systeemeihin. Solun maailma on niin erilainen kuin tietoisten ihmisten koneet. Jos yrittää suunnitella koneen joka rakentaa itsestään kopion vaikka kerran vuodessa (bakteerit tekee sen minuuteissa), niin törmää siihen kuinka koneen kuolleitten molekyylien ainoa vuorovaikutustapa on kemiallinen (no voihan molekyyli myös muuttaa energiatasoaan, onko se sitten fysiikaalinen). Eli jos molekyyli kemiallisesti reagoi syy-seuraus ketjun mukaisesti niin ketju toteutuu. No tämä ei vielä ole tavatonta mutta kun mietitään, miten kyseiset molekyylit on valittu ketjuun niin sen takana on taas omat syy-seuraus ketjut. Ja niiden ketjujen takana taas uudet ketjut! Ei turhaan solua verrata Lontoon kaupunkiin.
Ihmisen tietoisuus on valtava helpotus ymmärtää monimutkaisuutta. Tietoisuuden puute solussa joudutaan korvaamaan informaatiolla joka on ladattu siihen jollain yliälykkäällä tavalla. Esimerkkinä dna:n lukeminen takaperin. Yritä kirjoittaa tekstiä jossa olisi oikeaa informaatiota oikealta vasemmalle ja vasemmalta oikealle. Tai yritä kirjoittaa ohjeet niin että teksti alkaa sanan keskeltä ja loppuu sanan keskelle.
Joten biologit on mahdottoman haasteen edessä.

[Abezethibou]

Vaan millä se jumala saatiin keskusteluun mukaan, se jäi vähän epäselväksi?

Nuo jumalat pelmahtavat paikalle hyvin yllättävissä kysymyksissä ja konsepteissa, ja mahdoton tietää etukäteen tai jälkikäteen, että miten. Tosin ihmiskunnalla on tai on ollut laskentatavasta riippuen n. 18 000 - 50 000 jumalaa, joten kai näihin tilanteisiin aina joku löytyy

Teleologiseksi ajatteluksi taidetaan kutsua sitä, että DNA:n monimutkainen rakenne houkuttelee ajattelemaan, että sen on pakko olla suunniteltu. Tai ehkä DNA:n "neljän kirjaimen koodi" näyttää samankaltaiselta kuin ihmisen kehittämä tietokoneohjelma josta syntyy ajatus ohjelmoijasta joka on sen koodannut. Psykologiassa puhuttaisiin kai tuossa tapauksessa kuvioiden tunnistamisesta. Agenttihavaintoharha on yksi vaihtoehto. No oli niin tai näin, niin sitkeästi on jumalat vieläkin kuvioissa mukana.

Enkä missään nimessä halua kenenkään uskoa morkata.

Jos joku on data-alalla, hän ihmettelee solun informaatiota. Ainakin Bill Gates ihmetteli kun sanoi ettei he pysty tuollaisiin systeemeihin. Solun maailma on niin erilainen kuin tietoisten ihmisten koneet. Jos yrittää suunnitella koneen joka rakentaa itsestään kopion vaikka kerran vuodessa (bakteerit tekee sen minuuteissa), niin törmää siihen kuinka koneen kuolleitten molekyylien ainoa vuorovaikutustapa on kemiallinen (no voihan molekyyli myös muuttaa energiatasoaan, onko se sitten fysiikaalinen). Eli jos molekyyli kemiallisesti reagoi syy-seuraus ketjun mukaisesti niin ketju toteutuu. No tämä ei vielä ole tavatonta mutta kun mietitään, miten kyseiset molekyylit on valittu ketjuun niin sen takana on taas omat syy-seuraus ketjut. Ja niiden ketjujen takana taas uudet ketjut! Ei turhaan solua verrata Lontoon kaupunkiin.
Ihmisen tietoisuus on valtava helpotus ymmärtää monimutkaisuutta. Tietoisuuden puute solussa joudutaan korvaamaan informaatiolla joka on ladattu siihen jollain yliälykkäällä tavalla. Esimerkkinä dna:n lukeminen takaperin. Yritä kirjoittaa tekstiä jossa olisi oikeaa informaatiota oikealta vasemmalle ja vasemmalta oikealle. Tai yritä kirjoittaa ohjeet niin että teksti alkaa sanan keskeltä ja loppuu sanan keskelle.
Joten biologit on mahdottoman haasteen edessä.

Minä olen viimeiset 30 vuotta tienannut leipäni tietotekniikalla niin kai sitä voi data-alalla sanoa olevansa? Ei tullut teoreettisen fysiikan osaajaa mikä oli unelmana ja ehkä onneksi niin. Ei mun pää kestäisi jatkuvaa tutkimusrahoituksen kerjäämistä.

Minä en ihmettele. Ihmisen genomi on noin 3 miljardia emäsparia ja proteiineja koodaava osuus on vain noin 1–2 % koko genomista. Edes minä en kykene koodaamaan noin tehotonta koodia ja jokin jumala tekisi sen kanssa itsestään naurettavan. Niin sanotulle roska-DNA:lle on löydetty erilaisia tehtäviä, mutta siltikin genomista ehkä noin 5–10 % on selvästi toiminnallista ja lopun rooli on epäselvä tai se on jäänteitä menneisyydestä (vahva todiste evoluutiosta). Niin sanotussa roska-DNA:ssa ja pseudogeeneissä näkyy samoja virheitä eri lajeilla joka on vahva merkki yhteisestä alkuperästä. Ihmisen ja simpanssin DNA:sta on muuten yli 98 % samaa. Voisin kirjoitella aiheesta pitkäänkin mutta tyydyn toteamaan, että 30 vuoden ura "data-alalla" ei ole tuonut jumalia yhtään lähemmäksi.

Bill Gates on sanonut: “DNA is like a computer program but far far more advanced than any software ever created.” eli suomeksi “DNA on kuin tietokoneohjelma, mutta paljon kehittyneempi kuin mikään koskaan luotu ohjelmisto.” mikä sinällään varmasti pitää paikkansa. DNA:n vertaaminen tietokoneohjelmaan ei kyllä kovin hyvin toimi. Linux ytimessä on ~40 miljoonaa lähdekoodin riviä ja Windowsissa ~50 miljoonaa riviä. Googlen kaikkien ohjelmien lähdekoodin määräksi kautta historian on arvioitu ~2 miljardia riviä mikä sekin jää reilusti alle ihmisen DNA:n emäspareista jos ajatellaan jokaisen sellaisen vastaavan koodiriviä.

Jos taas ajatellaan emäsparin vastaavaan lähdekoodista käännettyjen ohjelmien konekielisiä käskyjä, niin ihmisen koodaamat menevät kyllä DNA:n ohi niin että vihellys vaan kuuluu, mutta tämän kaltaisten vertailujen teko on hyödytöntä hömppää.